7月9日,柔克义在与唐绍仪的会谈中再次强调:如果中国希望美国早日归还部分庚款的话,清政府必须对坚定不移执行派遣学生留美计划,以及学生人数和实行年限做出明确的声明,实行年限应该与庚款的退还期相同。最后,柔克义与唐绍仪就派遣中国学生赴美达成一致意见,商定头四年每年选派100名学生赴美留学,学习期为八年,此后为每年50人。但为了显示这一方案完全出于清政府的意志,避免外界将派遣中国学生留学美国看作是归还赔款的一个先决条件,唐绍仪建议将有关派遣留学的具体计划与正式照会分开,以附件形式发送。
7月14日,柔克义亲自拜访清政府外务部,在确知清政府的照会完全满足了他的要求之后,才与外务部正式互换照会。在7月14日的照会中,清政府明确表示:“中国政府乘此机会愿表明实感美国之友谊,且念近年贵国大伯理玺天德(总统)提倡中国学生来美分授高等教育,此事征之往事,入美国学堂结果甚善,而裨益中国者良非浅鲜。中国政府现拟每年遣送多数学生至美就学。”照会的附件也根据柔克义的意见,规定自开始退还赔款之年起,中国政府于头4年每年遣送100名学生赴美留学,自第5年起每年至少选派50名中国学生赴美留学,直至该项退款用毕为止。
10月31日,柔克义与清政府外务部拟定《派遣美国留学生章程草案》,就留美学生的资格、选拔、专业及其管理等问题初步达成一致意见。
12月28日,罗斯福总统签字同意美国政府索赔之款由原来的24440778.81美元减为10785286.12美元(其中包括众议院在讨论过程中要求增加的200万用以支付迄今尚未得到赔偿的私人损失的备用款额)。它与原定中国付给美国的24440778.81美元之间的差额——10785286.12美元退还给中国。
12月31日,美国国务卿罗脱致函中国驻美公使伍廷芳和美国驻华公使柔克义,转呈一份根据国会两院联合决议并由总统签署的实施法令,指示赔款中的退款从1909年1月1日起开始执行。
对美国建议将退款直接和完全用于派遣中国学生赴美留学的建议,清政府虽然原则上不反对,但并不赞成将它全部用于兴学。清政府的态度是“办理学务,似无须如此巨款”。但鉴于庚款兴学为美国政府所坚持的原则,清政府又不敢对庚款兴学提出异议。
1909年3月20日,柔克义照会清政府外务部,催促清政府尽快选拔留美学生,指出第一班赴美留学之期将至,美国方面已为接收中国留学生做好准备,“外部愿中国速选学生筹备一切,迅来美国就学为盼”。
5月14日,柔克义再次照会清政府外务部,对清政府迟迟不履行上年10月间达成的《派遣美国留学生章程草案》以及对他的照会未做反应提出强烈抗议。柔克义甚至威胁道:“如中政府不按上年7月14号所云办法及草案速行酌定,本大臣无法祗可达知美政府将现行减收之法停办,俟贵国将派生赴美留学生之章定妥,再行议订减收之法。”
6月,根据中美双方协定,由清政府外务部设立了游美学务处。清政府内务府将皇室赐园—清华园,拨给游美学务处,作为游美肆业馆的馆址,这就是清华大学的雏形。
7月10日,清政府颁布《遣派游美学生办法大纲》,中国政府派遣赴美留学生计划正式启动。
8月,游美学务处在史家胡同招考了第一批学生,从630名考生中,录取了47人,于10月份赴美。
这便是庚款兴学的由来。