选择忍务后可以选择进行神乐千年祭或者百花缭乱记,神乐千年祭为主线,百花缭乱记则是每个角色的一些小故事。神乐千年祭一共有57关,百花缭乱记每个角色都有5关。在选关界面中按□键可以切换三种不同的难度,分别为普、爆、绝,另外在一些关卡中还隐藏着若干数量的高台,总共有80个高台,每一个关卡的高台数量都会在选关画面的左下角标出来,到达第七天的剧情需要破坏一定数量的高台才能开启第八天的剧情,具体数量我也忘记了,百花缭乱记也是需要是根据破坏的高台数量来一个个解锁的。所以无形中也算增加了各个关卡的可重复游玩性。本作取消了系列惯有的忍者房间,只有在当天的剧情全部结束或者在每关战斗结束后的结算画面中按X才能回到故事菜单界面。